Análisis de la conectividad y estructura de proteínas del virus SARS-CoV-2 mediante teoría de grafos para la identificación de sitios activos

Abstract

Se presenta un trabajo sobre cómo identificar residuos del sitio activo de proteínas relacionadas con el virus del SARS-CoV-2, mediante teoría de grafos y redes complejas. La identificación de residuos funcionales en proteínas es un tema complejo, incluso cuando se dispone de estructuras atómicas detalladas, de ahí que, las interacciones de los residuos de proteínas dentro y entre los sitios funcionales son cruciales para la actividad de las proteínas.

En bioquímica, se conoce una región en particular de una enzima donde las moléculas de sustrato se unen y experimentan una reacción química, se trata del sitio activo. El sitio activo consta de residuos que forman enlaces temporales con el sustrato (sitio de unión) y residuos que catalizan una reacción de ese sustrato (sitio catalítico). El sitio activo es la parte más importante ya que cataliza directamente la reacción química. Las estructuras de proteínas se pueden representar y modelar como redes (grafos) donde los residuos son los nodos (vértices) y sus interacciones son los enlaces (aristas). La representación de las estructuras proteicas como redes complejas facilita la búsqueda de información, que pueden relacionarse con residuos funcionalmente importantes. Aquí, nuestro objetivo fue investigar el rendimiento de la centralidad de los residuos, en la identificación de residuos funcionalmente importantes en las familias de proteínas, más en específico los residuos del sitio activo, así mismo, unir esta información con los resultados que nos proporciona el análisis del interior de la proteína, mediante el análisis de la profundidad del átomo y el área de superficie accesible al solvente.