Estudio de la diversidad de secuencias de RNA encontradas en muestras de aire de la estación del metro hospital 20 de noviembre y el centro médico nacional hospital 20 de noviembre

Abstract

RESUMEN Las comunidades microbianas de un espacio confinado podrían contribuir directamente sobre el funcionamiento del ecosistema y sobre la salud humana. Dado que las comunidades microbianas no existen de forma aislada, sino que están en constante interacción es de esperarse que ocurran procesos de intercambio de material genético. Mecanismos como la transferencia lateral de genes, la conjugación y la transducción ocurren activamente en el ambiente y contribuyen a la evolución de las comunidades microbianas. En el presente estudio se describe la diversidad de los microorganismos presentes en muestras de aire recolectadas en la estación del metro Hospital 20 de noviembre y el Centro Médico Nacional Hospital 20 de noviembre, a partir de la secuenciación mediante RNA-seq del RNA aislado de las muestras. Los resultados obtenidos revelan que las Proteobacterias, Actinobacterias y Firmicutes figuran como fila predominantes y que la mayor contribución se atribuye a los géneros Acinetobacter (4.07%), Paracoccus (3.81%), Pseudomonas (3.38%), Corynebacterium (2.20%) y Propionibacterium (2.06%). Si bien, no es viable catalogar a los microorganismos como “patógenos” sin hallazgos de causalidad que lo comprueben, en el análisis preliminar se identificaron especies que pueden causar enfermedades en humanos y que se relacionan con infecciones nosocomiales en entornos hospitalarios, tal es el caso de Acinetobacter Baumanii, Klebsiella pneumonie y Pseudomonas aeruginosa, todas las cuales se relacionan con infecciones respiratorias. Además, se identificó por medio de PCR en tiempo real la presencia del virus de la Influenza A H1N1 en muestras de superficies y aire durante los meses de octubre y noviembre del año 2018. Otro hallazgo interesante fue encontrar genes que codifican para beta-lactamasas, transportadores multidrogas y factores de virulencia que aumentan la capacidad de supervivencia y resistencia de las comunidades microbianas. ABSTRACT Microbial communities in a confined space could contribute directly to the ecosystem functioning and to human health. Since microbial communities do not exist in isolation, but are in constant interaction, it is expected that exchange processes of genetic material occur. Mechanisms such as lateral gene transfer, conjugation and transduction actively occur in the environment and contribute to microbial communities evolution. The present study describes the diversity of microorganisms present in air samples collected at the subway station "Hospital 20 de noviembre" and the National Medical Center "Hospital 20 de noviembre", from sequencing by RNA-seq of RNA isolated from samples. The results obtained reveal that Proteobacteria, Actinobacterias and Firmicutes appear as the predominant phyla and that the greatest contribution is attributed to the genera Acinetobacter (4.07%), Paracoccus (3.81%), Pseudomonas (3.38%), Corynebacterium (2.20%) and Propionibacterium (2.06%). Although it is not feasible to classify microorganisms as "pathogens" without causality findings that prove it, species that can cause diseases in humans and that are related to nosocomial infections in hospital settings were identified, such as Acinetobacter Baumanii, Klebsiella pneumonie and Pseudomonas aeruginosa, all of which are related to respiratory infections. In addition, the presence of the H1N1 Influenza A virus in surface and air samples was identified through real-time RT-PCR during the October-November 2018 period. Another interesting finding was identify genes that code for beta-lactamases, multi-drug transporters and virulence factors that increase the microbial communities survival and resistance capacity.