Estudio de arbovirus poco comunes en muestras de pacientes mexicanos: Detección y análisis evolutivo.

Abstract

"Resumen Las infecciones por arbovirus representan un problema importante de salud pública debido a la diversidad de virus involucrados, la amplia distribución de sus vectores y la similitud de los cuadros clínicos que producen. En regiones donde dengue, Zika y Chikungunya son virus endémicos, el diagnóstico suele enfocarse en éstos mediante pruebas moleculares dirigidas; sin embargo, otros arbovirus de baja prevalencia pueden circular sin ser detectados. El objetivo de este trabajo fué identificar arbovirus poco frecuentes en muestras de suero de pacientes con sintomatología compatible con arbovirosis. Se analizaron 106 muestras de suero de pacientes atendidos en unidades del Instituto Mexicano del Seguro Social, recibidas inicialmente como negativas al panel Triplex para el dengue, Zika y Chikungunya. Las muestras fueron inoculadas en células Vero y C6/36 para evaluar la presencia de efecto citopático. Cuatro muestras (55, 63, 69 y 97) produjeron efecto citopático, principalmente en células Vero, lo cual podría estar asociado a la replicación viral, por lo que los sobrenadantes de cultivo fueron enviados a secuenciación masiva. Además, el tamizaje por RT-qPCR mostró positividad a Flavivirus en la muestra 97, mientras que las pruebas para Alphavirus y virus Oropouche fueron negativas para todas las muestras. La secuenciación masiva de los sobrenadantes de células Vero permitió recuperar genomas virales prácticamente completos. El análisis de los contigs mediante BLAST identificó la presencia del virus herpes simple tipo 2 en las muestras 55, 63 y 69, y del virus del dengue serotipo 3 en la muestra 97. La presencia de virus herpes simple tipo 2 fue corroborada mediante PCR de punto final en el suero y en los sobrenadantes de células Vero, con amplificación de los blancos UL30 y gG2/US4. Los análisis filogenéticos y de redes de haplotipos ubicaron a las secuencias de virus herpes simple tipo 2 dentro de la diversidad global conocida, sin evidencia de un grupo exclusivo de México. En la muestra 97 se identificó a virus del dengue serotipo 3 genotipo III, linaje 3III_B.3.2, el cual se agrupa dentro de la diversidad global reciente de este virus. En el subgrupo secuenciado no se detectaron arbovirus poco frecuentes; sin embargo, la identificación del virus herpes simple tipo 2 resalta la utilidad de los enfoques genómicos no dirigidos para ampliar el diagnóstico etiológico y fortalecer la vigilancia viral. Abstract Arboviral infections represent a major public health concern due to the diversity of viruses involved, the widespread distribution of their vectors, and the similarity of the clinical manifestations they produce. In regions where dengue, Zika, and chikungunya viruses are endemic, diagnosis is generally focused on these pathogens using targeted molecular assays; however, other low-prevalence arboviruses may circulate undetected. The aim of this study was to identify uncommon arboviruses in serum samples from patients presenting with symptoms compatible with arboviral infection. A total of 106 serum samples from patients treated at the Mexican Institute of Social Security (IMSS) were analyzed. These samples had previously tested negative using the Triplex molecular assay for dengue, Zika, and chikungunya viruses. Samples were inoculated into Vero and C6/36 cell cultures to evaluate the presence of cytopathic effect (CPE). Four samples (55, 63, 69, and 97) produced CPE, predominantly in Vero cells, suggesting viral replication, and their culture supernatants were subsequently subjected to high-throughput sequencing. In addition, RT-qPCR screening detected a flavivirus only in sample 97, whereas all samples tested negative for alphaviruses and Oropouche virus. High-throughput sequencing of the Vero cell culture supernatants enabled the recovery of nearly complete viral genomes. BLAST analysis of the assembled contigs identified herpes simplex virus type 2 (HSV-2) in samples 55, 63, and 69, and dengue virus serotype 3 (DENV-3) in sample 97. The presence of HSV-2 was further confirmed by endpoint PCR in both serum and Vero cell culture supernatants through amplification of the UL30 and gG2/US4 targets. Phylogenetic and haplotype network analyses placed the HSV-2 sequences within the known global diversity of the virus, with no evidence of a lineage restricted to Mexico. Sample 97 was classified as DENV-3 genotype III, lineage 3III_B.3.2, clustering within the recent global diversity of this virus. Although no uncommon arboviruses were detected among the sequenced samples, the identification of HSV-2 highlights the value of untargeted genomic approaches for expanding etiological diagnosis and strengthening viral surveillance".